Untuk menunjang pembelajaran dalam kimia komputasi, diperlukan adanya software - software kimia komputasi. Banyak software kimia komputasi yang sangat membantu dalam pembelajaran serta pengamatan di bidang kimia. Adapun software - software itu antara lain:
1. Chemcraft
Chemcraft menyediakan visualisasi yang sangat rinci dari Gamess-AS file output. Data berikut dari file dapat disajikan secara grafis:
- Atom koordinat (sesuai dengan atom yang unik baik semua atau simetri, jika tabel-tabel yang disajikan dalam file);
- Jika obligasi analisis urutan disajikan dalam file, obligasi dari file akan ditampilkan pada gambar (jika tidak, obligasi dihitung oleh algoritma jarak);
- Gradien Energi dapat ditampilkan dalam bentuk pointer.
- Sifat atom yang berbeda dapat ditampilkan sebagai label pada atom: Mulliken populasi, kepadatan spin, valensi;
- Obligasi perintah (seperti label pada obligasi);
- Orbital Molekul yang divisualisasikan sebagai isosurfaces atau pesawat berwarna;
- Mode vibrasi dapat animasi atau ditampilkan dalam bentuk pointer (vektor perpindahan);
- Momen Dipole dapat divisualisasikan sebagai pointer;
- MO energi dapat ditunjukkan dalam bentuk digram
Q-Chem adalah ab initio yang komprehensif terhadap paket kuantum kimia. Kemampuan berkisar dari perhitungan kinerja tertinggi DFT / HF dengan metode tingkat tinggi pasca-HF korelasi. Q-Chem menangani berbagai masalah di laboratorium komersial, akademik dan pemerintah, termasuk:
* Struktur Molekul
* Reaksi Kimia
* Getaran Molekuler
* Elektronik Spectra
* Spektrum NMR
* Efek solvasi
Q-Chem menyediakan pengguna dengan beberapa keuntungan yang berbeda:
* DFT perhitungan dengan akurat algoritma linear scaling
* Berbagai macam pasca-HF metode korelasi yang efisien dan unik
* Quantum perhitungan diperpanjang dengan QM / MM dan dinamika molekuler
Q-Chem tersedia dalam = Stand-alone (LINUX, Mac OS dan platform UNIX lainnya)
3. NAMD Scalable Molecular Dynamics
NAMD, penerima Award 2002 Gordon Bell, adalah molekul paralel dinamika kode dirancang untuk kinerja tinggi simulasi sistem biomolekuler besar. Berdasarkan Charm objek paralel, skala NAMD untuk ratusan prosesor high-end platform paralel dan puluhan prosesor pada cluster komoditas menggunakan gigabit ethernet. NAMD menggunakan program grafis yang populer molekul VMD untuk setup simulasi dan analisis lintasan, tapi juga file-kompatibel dengan AMBER, CHARMM, dan X-PLOR. NAMD didistribusikan secara gratis dengan kode sumber. Anda dapat membangun NAMD sendiri atau men-download binari untuk berbagai platform. (www.http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/)
4.ACD/ChemSketch Freeware (Platform : Windows, Linux)
Chemsketch adalah software grafis untuk menggambar hal yang ada hubungannya dengan kimia . Bisa menggambar secara manual atau menggunakan templet yang disediakan. Klik dan gambar molekul, ion, stereobonds, teks, poligon, panah, serta perlengkapan laboratorium, dll termasuk menentukan secara otomatis massa suatu atom atau molekul. Kita juga dapat memperkirakan densitas, indeks bias, volume molar, dll. Selain itu dari ACD Labs juga menawarkan beberapa download gratis untuk utilitas yang dapat dipergunakan dalam ChemSketch sehingga lebih powerfull.
Untuk dapat mendownload software ini diperlukan registrasi (sebentar hanya memasukan beberapa data alamat email dan lain-lain). Setelelah download lakukan instalasi sebagaimana biasa dan siap untuk digunakan.
5. MacMolPlt (http://www.scl.ameslab.gov/~brett/MacMolPlt/)
MacMolPlt adalah:
* Sebuah program grafis modern untuk merencanakan 3-D struktur molekul dan mode normal (getaran).
* Ini membaca berbagai format file termasuk masukan GAMESS log, atau file IRC secara langsung untuk membuat animasi dari itu IRC, yang DRC, dan optimasi.
* Titik simetri kelompok Molekuler didukung.
* Kita juga dapat menyisipkan GAMESS dan Gaussian-92 koordinat Cartesian gaya secara langsung ke dalam program
* Animasi Mode Normal.
* Grafik garis sederhana frekuensi frekuensi dibandingkan intensitas inframerah
* Membangun atau memodifikasi molekul menggunakan molekul pembangun grafis.
o Cepat membangun struktur 3D yang realistik.
o memutar atom yang dipilih tentang obligasi, perubahan sudut obligasi atau dihedral.
* Membangun molekul dari awal dengan menggunakan koordinat Cartesian atau internal
* 2D orbital, total kepadatan elektron tampilan peta kontur
* 3D orbital molekul, elektron keseluruhan tampilan kepadatan
* Layar warna 3D dengan pencahayaan dan bayangan menggunakan OpenGL di bawah MacOS X.
6. Molegro Molecular Viewer (Platform: Windows, Linux, dan Mac OS X)
Aplikasi gratis dengan multiplatform yang digunakan untuk visualisasi molekul dalam format PDB, SDF, Mol2, dan MVDML. Fiturnya meliputi pembuatan molekul secara otomatis, visualisasi permukaan molekul dan backbone.
Ukuran file untuk windows sebesar 5,52 MB
Ukuran file untuk windows sebesar 9,41 MB
Untuk file-file dengan ekstensi pdb, bisa dibuat sendiri dengan aplikasi di atas atau men-download-nya dari elchem.kaist.ac.kr. Model molekul yang tersedia di situs ini adalah molekul-molekul organik dari yang paling sederhana hingga yang cukup kompleks.
Tidak ada komentar:
Posting Komentar